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相关的研究资料表明，动物胃肠道内在出生前是没有细菌的，出生3h～4h肠道内才检测得出细菌。胃肠道内的微生物菌群有一的定殖顺序：需氧菌→兼性厌氧菌→专性厌氧菌。
哺乳前期仔猪胃中有数量较少的细菌，哺乳后期的仔猪胃和小肠有较多数量的乳酸杆菌和链球菌。断奶仔猪由于断奶应激和日粮变化等因素的影响使消化道的内环境发生了变化，菌群也就发生了明显变化，其数量和定殖位点也相应的发生了改变。
猪胃肠道菌群的作用，有助于提高机体营养
猪胃肠道菌群在代谢过程会产生易被猪机体吸收的维生素和胞外酶产物，对猪的营养、消化和吸收起着重要作用。
猪胃肠道菌群在体内能合成有利于宿主生长和助消化的B族维生素；猪在盲肠中的菌群所产生的有机酸，既可以为机体提供营养还能提高机体对蛋白质和能量的利用，其中乳酸菌所产生的乳酸有利肠道中钙和磷的络合，以促进机体对钙和磷的吸收。
可以拮抗病原微生物，抑制外源菌生长与定殖
猪胃肠道内定殖的菌群可以有效的抑制外源菌生长与定殖，可以预防猪的疾病和促进生长。专性厌氧菌代谢产生的挥发性脂肪酸和乳酸，能降低胃肠道pH和氧化还原电势，对外源菌的生长和繁殖有一定的抑制作用，特别是使肠内容物变酸，促进了肠蠕动，使外源菌未能定殖便已被排出；肠道菌与上皮细胞的紧密结合，对宿主细胞形成了占位性保护。
产生抗菌活性物质
另外由于体内微生物的代谢能产生一定数量的抗菌活性物质，例如乳酸球菌会分泌一定数量的类细菌素物质，具有广谱抗菌作用，能抑制大肠杆菌等革兰氏阴性菌的生长与繁殖。
有利于机体免疫力的提高
猪胃肠道内的菌群和宿主具有相互影响、相互作用的复杂性。此类细菌便是宿主自身免疫中的一部分，通常情况下不会引起免疫反应。
加强肠道免疫系统发育
有学者认为，当肠道的菌群缺乏时，对肠道免疫系统的发育影响较大，不同程度的破坏肠道正常形态的生长，同时免疫球蛋白的水平也会明显降低。
预防动物感染
因此，有学者认为，动物胃肠道菌群结构的稳定对动物感染有很好的预防作用，特别是对胃肠道疾病防治效果更为突出。定殖于胃肠道中的乳酸菌对致病菌有很好的对抗作用，有利于抗感染能力的增强，并增加肠黏膜的免疫调节活性。
影响猪胃肠道菌群平衡的因素，生理性影响
仔猪出生到育肥期间肠道内菌群就一直在发生变化，育肥期渐趋于平衡。特别是断奶后的仔猪，尤为突出，主要是由于断奶应激使自身循环抗体水平降低，并县使细胞免疫力和免疫水平也受到了抑制，从而导至仔猪抗病力减弱易感性增强。
外界环境影响，菌群失衡
外界环境的强应激也会使猪胃肠道菌群发生变化，如气温剧变引起菌群数失去平衡，强应激对已建立起来的肠道保护性微生物群产生破坏。
引起腹泻
应激易使乳酸菌减少和促进大肠杆菌数量增多，轻则引起肠腔积水、重则使上皮细胞严重破坏引起腹泻。
饲料日粮的影响
动物胃肠道菌群通常都会因为日粮的变化而改变。因为，不同的日粮成份会选择性的刺激一些特定细菌的生长。如日粮中纤维数量发生改变的同时，猪肠道内微生物群落结构也相应改变。
猪胃肠道微生物菌落的调控措施，调控的意义
正常的猪胃肠道微生物菌群不仅可以筑建一道防御屏障，还能提高营养、促进消化和吸收，特别是能增强猪体的免疫能力和提高生产性能。因此，调控好猪胃肠道生物菌群，维持它的稳定平衡对养猪业的持续健康发展意义重大。
调控措施，添加有利于益生菌生长繁殖的药物
如用乳菌宝促进仔猪胃肠道的的有益菌增长繁殖，改变菌群结构来提高机体的生产性能和免疫力。
加强饲养管理
如调节好温度、调节纤维量、搞好环境卫生、增强通风光照减少应激等。总之，调控好猪胃肠道微生物菌落，对养殖业的发展意义重大。
