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卫生环境控制应包括环境消毒、免疫注射、定期驱虫及消除污染(包括舍内外的空气污染、环境污染)。
(1)环境消毒
环境消毒是切断疾病传染源的根本性措施。
1)消毒药品。
2)消毒制度。分为常规消毒制度和非常规消毒制度;常规消毒制度指在没有任何传染病发生的情况下，所进行的环境工作消毒制度。非常规消毒是无定时的，遇到特殊情况下的消毒制度。其制度的制订，首先考虑原因。环境消毒新技术还包括利用火焰喷射消毒器、冲洗喷雾消毒机及紫外线灯等先进设备进行环境消毒。
(2)消毒环境污染
消除污染主要是消除病猪、死猪、粪便的环境污染。主要通过EM、生物坑、沼气池三条新技术途径来实现目的。
1)EM生物制剂
比嘉照夫教授声称，猪圈内的粪尿水可以经过活菌制剂EM处理后成为饮用水。因此可在集约化猪场化粪池、猪舍的产床下、粪尿沟、漏缝地板下面以及普通猪场的运动场、排粪尿沟、积粪坑、堆粪场普遍利用EM活菌制剂，消除粪便对环境(包括空气)的污染。这是实现外环境控制的新方法、新技术。
2)生物热坑
传染病死猪、病猪对生产存在潜在的威胁，必须妥善处理。利用生物热坑法，尸体在生物坑自行发酵15～20天则会变形，4～5个月后全部分解，热坑内温度高达65℃，长期高温可消灭病菌、病毒，分解物可放心地做肥料。生物热坑须设置在猪场的下风区，离水源1公里外较干燥的地方。生物热坑法具有投资少，处理量大，管理方便等优点，适合中、小型集约化猪场使用。
3)沼气发酵他
利用沼气池可将猪粪发酵，消除臭味和消灭粪便中的寄生虫，达到改善卫生环境的目的。同时释放出的甲烷为主的混合可燃气体，可供利用。
