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许多具有多年养猪经验的朋友发现，猪场经常消毒反而猪群抵抗力下降，猪只更容易发病，疫病暴发的频率反而更高，对于猪场消毒存在很大的质疑。并举例加以说明，如：
1、二十年前的农村养猪的环境，那是是没有水泥地面的，那时猪只都是卧在烂泥，烂粪堆里，也不存在给猪清粪、消毒，但那时的猪几乎很少，甚至不会生病。
2、流浪汉的所吃食物和生存环境中病原微生物的浓度与常人相比要高很多倍，但却很少见流浪汉生病。
3、农村的孩子整天与泥土打交道、整天脏兮兮的，甚至饭前就不洗手，可你能说农村小孩没城市的抵抗力高吗......
这些养猪朋友提出自己的见解和列举的例子本身没有问题，但并未认识到猪群抵抗力的关键所在，而以此来推翻现代养猪技术的一些做法并不妥。
现代基因型母猪的生产力得到了显著的提升，如产仔数、瘦肉率、生长速度等，但要承受更大的营养和体力压力，致使母猪对环境、营养、管理等方面的耐受力明显下降，体质不断减弱。同时每天又处在超负荷工作状态(生长速度快、年产胎次高、哺乳强度大)，加上饲养密度大、环境条件差(病原谱复杂、空气、温度、湿度等)等诸多因素干扰。而流浪汉和农村小孩虽然生活条件差，但生活自由，没有超负荷工作，是不能与猪群相提并论的。
很多猪场在提出消毒效果差，甚至起反作用时，并没有考虑本身消毒工作有没有做到位，而是在消毒工作中存在很多误区和漏洞，导致消毒不彻底，反而助长了病菌的传播。
1、消毒前不清理或清理不彻底。猪粪、饲料残渣等是最容易滋生细菌的，如果漏缝地板底下、猪舍内外的地面、料槽、墙壁等未进行彻底清理时，进行喷雾消毒，起到的作用是非常有限的，即使浸泡也很难浸透。
2、消毒池中的砖块和人行过道。很多猪场大门和猪舍门口的消毒池(槽)中铺砖块或建人行道，这样人的鞋子就可以不通过消毒池，让消毒池变成废物。
3、大体积物品的消毒。保温箱内使用的木板，体积大，浸泡不易，如果消毒不彻底对下批猪的影响将非常大。可以使用将木板喷油漆，喷油漆后的木板可防止病原渗透，也便于清洗消毒，并且可多次使用。
4、带猪消毒。消毒液本身是一种刺激性比较大的物质，带猪消毒容易引起猪呼吸道的损伤，加速病原微生物的感染。
5、新饲养员的行李和衣物。很多猪场门口采用紫外线消毒，这样不仅不能杀死衣物内部的细菌，而且对人皮肤有伤害;对于这些物品，喷雾、浸泡无法进行。因此只有熏蒸可以解决，但消毒要确保足够的时间。
