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关于仔猪腹泻的病因，业内众说纷纭，有报道称华中农业大学猪病研究室从患猪体内分离到新病毒。不过华中农业大学猪病权威专家何启盖教授明确表示，目前国内还未分离到这种新病毒，也尚无足够的证据证明此次腹泻大流行与新病毒的相关性。
严峻的疫情让新病毒之说(博卡病毒或Kobu病毒)不胫而走。畜牧类门户网站及各大论坛都流传着这样一组报道：“据华中农大病毒室对送检的60份病料检测发现：52份病料检测到新病毒‘博卡病毒(或Ko?bu病毒)’，检出率86.6%；而猪流行性腹泻、猪传染性胃肠炎和轮状病毒等检测率不足5%。”
消息一出，业内对此议论纷纷，新病毒的传说越来越多。更有一些兽药企业将此消息编写成短信发送给养殖户，宣传他们有控制新病毒的特效药。
对此，华中农业大学猪病权威专家何启盖教授表示，上述报道中提到的新病毒检出率数据不是他们公布的。“不管是博卡还是Kobu病毒，目前国内还没有哪个实验室分离到此类病毒。”何启盖介绍，国内一些科研机构只是停留在基因检测方面的研究，检测出此类新病毒呈阳性，但这并不意味着能分离到病毒，更不可以盲目下定论当前仔猪腹泻与新病毒有关。
华南农业大学兽医学院张桂红教授认为，即使分离到了新病毒，就将腹泻归咎于新病毒也缺乏科学依据。她介绍，确定一种病毒是否是某种传染病的病因，必须做病毒的动物致病性回归实验，即用临床分离到的病毒人工感染猪群，如果能复制与临床一样的腹泻症状或是发病模型才能确定该病毒的致病性。“但目前博卡或Kobu病毒都还未分离到，致病性实验也就无从谈起。”另据笔者查阅相关学术资料，国外也未见有从猪体分离到新病毒的报道。
那么此次导致仔猪严重腹泻的病因究竟为何物？业内对此有严重的分歧，一方认为是饲料霉菌毒素严重，导致饲料中毒；另一方对是哪类病毒致病争议也很大。
哈尔滨兽医研究所专门从事腹泻病毒研究的冯力研究员介绍，从2011年3月至今他们实验室运用胶体金试纸条、RT-PCR、强弱毒株鉴别诊断方法和基因序列测定，对来自11个省市的28家猪场的148份样品(粪便或小肠内容物)进行了检测分析。
结果表明，猪流行性腹泻病毒(PEDV)的阳性率为55.4%(82/148)，猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的阳性率为39.2%(58/148)，二者的混合感染率为25.9%，猪轮状病毒(PRV)的阳性率为10.8%(16/148)，而猪ko?buvirus的阳性率很低，并且分离出PEDV、TGEV、PoRV等3种病毒，结合发病猪的日龄、临床发病症状(呕吐、腹泻和脱水)和实验室检测结果及PEDV、TGEV流行特征，冯力认为仔猪腹泻病的主要病原为PEDV，其次为TGEV。此外，其他因素(如寒冷天气、霉菌毒素、其他疫病等)也可诱发和加重腹泻病的发生。
