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霉菌与毒素的污染会造成经营利益损失，成为畜牧经营成败的关键。因毒素并不是一般药物可有效治疗的，而且饲养过程中有许多必然的应激、环境污染及疾病暴发的问题，这些应激会导致免疫低下的问题，又由于霉菌毒素会伤害免疫系统使免疫低下的问题更加严重进而导致疫苗及药物无效且疾病无法控制的问题普遍存在。故霉菌与毒素的污染对动物健康与饲养效益有绝对的关系，更是畜牧经营成败的关键。目前在中国大陆地区霉菌毒素存在的问题非常严重，各类霉菌毒素的检出严重超出标准的比率达90%以上。
一般认为饲料长霉只会在很差的贮存条件下才产生。但其实在饲料原料生长、收获、加工、运输、贮藏过程皆可能会污染霉菌。而霉菌毒素是霉菌生长的代谢产物，故饲料含有低量霉菌并不表示不含霉菌毒素，因为很多毒素在饲料原料经过蒸煮或打粒等过程后还是稳定的存在，所以霉菌毒素存在的问题是很难避免的。饲料中霉菌的污染除了专业仪器的分析以外我们可简易的由以下的变化得知：包含有饲料谷物粉化及结块、饲料有轻度异味发热、色泽变暗及偶尔畜禽拒食。霉菌的生长除了霉菌毒素的产生还会造成维生素、氨基酸及能量等等饲料中营养的损耗。除了这些对饲料及营养负面的影响以外对猪只健康及产能的影响可见表1：
目前已知道的霉菌毒素种类约有300多种其中对猪只健康及产能危害较大的包含：黄曲毒素(aflatoxin)、赭曲毒素(ochratoxins)、玉米赤霉酰酮(zearalenone,F2)及新月毒素群(T2,呕吐毒素DON)。毒素对猪只健康产能的影响分述如下：
1霉菌毒素攻击消化道
当霉菌毒素(新月毒素群T2,呕吐毒素DON)进入肠道后会刺激肠道黏膜引起发炎，并启动类似紧迫反应的症状：呕吐毒素于食用后仅40min就会产生下痢或呕吐等现象，于仔猪时期对产能的影响很大，例如一些仔猪出生以后早发型下痢的问题，其诱发的紧迫反应后续导致的生理现象如下：肝功能下降、肾脏负担大、表皮组织受损、对其他毒素耐抗性下降、胃酸分泌增加、表皮细胞受损、呕吐、胃肠免疫保护下降、诱发消化道感染症、霉菌毒素再次
攻击消化道(新月毒素群T2,呕吐毒素DON)，仔猪在初期需要营养及母猪的初乳免疫的转移，欢迎访问猪场动力网 。但在这时期的下痢、吸收不良及厌食对仔猪照成的伤害及后续产能的影响是很大的。
2霉菌毒素攻击肝脏
肝脏内有许多的分解酶，能将汇集肝脏中的霉菌毒素破坏或分解成毒性小或较易排出体外的水溶性物质，达到解毒的目的，但高量的霉菌毒素对肝脏运作是一种负担。且霉菌毒素(黄曲毒素AFL、呕吐毒素DON)主要是攻击肝细胞的线粒体(发电厂)，导致肝细胞静止死亡;脂肪堆积形成脂肪肝;肝硬化导致肝衰竭。当肝功能下降则会引发全面的生理问题：消化酶合成减少、食欲减退、饲料效率差、产能低下、影响血液代谢活力下降、黄疸、内脏出血，血浆蛋白形成减少，导致药效差、组织水肿、乳房水肿，当肝脏解毒功能差时合成分解毒素的酵素也减少，导致对药物的毒性残余物质不容易分解代谢掉因此药物对肝肾的伤害也加剧，进而导致肝中毒、细胞的修补能力下降、疾病愈后差、疫病不断、尿酸合成增加、环境氨气浓度增加。
3攻击肾脏细胞及近曲小管
霉菌毒素(赭曲毒素OTA)会抑制尿酸排出因此导致尿酸盐沉着、肾肿大、肾纤维化及其他毒物无法排出，使毒素毒性增加、药物副作用又再加大。
