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猪腹泻发生的机理，主要是肠运动增强和消化分泌、吸收机能紊乱。归纳起来，有以下三个因素：
一、肠运动增强 如细菌性毒素、病毒、寄生虫、化学毒素、应激、饲料质变，可导致消化道发炎，而且引起胃肠道蠕动增强，降低食物完全消化及体液吸收的机会，从而会导致腹泻。
二、分泌异常 肠毒性大肠杆菌产生的肠毒素，它使腺苷酸酶保持活化状态，不断产生过量的环磷酸腺苷，导致肠黏膜过度分泌黏液，液体积聚于肠腔而发生腹泻。
三、吸收导致肠绒毛细胞受病毒感染脱落，如猪流行性腹泻病毒。其肠的吸收作用减弱，而减少吸收日粮中的水分和使制酵素缺乏活性，但未消化的食物及渗透压的增加，而且使到猪只发生严重的水样性腹泻。
