大多数情况下母猪便秘与肠道的微生态系统失衡有关，一般来说，肠道微生物和肠上皮细胞等生物成分与食源性非生物成分(未被消化的食物)以及来自胃、肠、胰、肝脏的分泌物(如激素、酶、黏液、胆盐等)共同构成了肠道微生态系统。宿主与微生物在长期的协同进化过程中，通过适应与选择，形成了相互依赖、相互制约的动力学关系，共同保障该系统最大限度地从有限的食物中获得最大的营养价值,维护系统的长期稳定与动态平衡。肠道内的正常菌群，如乳酸菌、双歧杆菌、大肠杆菌等作为原籍菌，以相对恒定的比例生活在肠道特定的区域内，通过自身的代谢过程，影响着环境中的各种因子，从而维持并调节肠道的微生态平衡。正常肠道微生物通过本身所拥有的一些成分，如肽聚糖、菌多糖、磷壁酸等，促使免疫反应发生, 提高机体的抵抗力, 还有一些微生物产生特殊的蛋白质和酶，构成帮助宿主消化吸收的功能体系。黏膜表面的黏液素既是肠上皮的一道屏障, 又是肠道微生物生长的能量来源，它促使肠道原籍菌黏附定植于肠道黏膜，同时减少病原菌的入侵。肠道微生物系统的这种平衡状态是实现正常生理功能不可缺少的稳定系统。
正常微生物群落决定宿主的许多生物过程, 因此, 菌群失调可以引起多种疾病, 便秘就是其中一种。患猪的肠道菌群普遍存在失调现象, 主要表现为双歧杆菌等有益菌数量减少，大肠杆菌和梭菌等条件致病菌数量增加。
低聚木糖可直接作为有益菌的碳源而促使其增殖，也可能直接刺激有益菌而发挥功效。双歧杆菌通过自身及产生的代谢产物排斥致病菌，在肠道中保持菌种优势，并与其他菌群相互作用，以保证肠道菌群最佳组合，维持肠道功能的平衡。
