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1、饲料与饮水的质量：饲料和饮用水不但是最主要的影响因素之一，同是它们还是绝大多数损害肠道因素的载体，所以它们应该是我们关注的第一要点。
饲料质量主要包括饲料中营养成分的均衡度、可消化吸收的难易程度、是否含有霉菌等微生物产生的毒素以及微生物数量、饲料的酸碱缓冲系数等几方面，它们所造成的影响是多方面的，改变胃肠道酸碱度ph值、破坏消化道粘膜与肠上皮细胞、营养物产生相互间拮抗、降低饲料消化率、破坏肠道菌群结构、干扰肠道免疫球蛋白的保护作用等。
饮用水质量主要是水中矿物质含量高和微生物超标，其中矿物质含量高所造成的影响首先是与饮水添加的维生素、药物结合产生不溶性物质，影响维生素、药物的作用与效果；其次在胃肠道中与饲料中营养成分会产生破坏、拮抗或者是吸收的竞争，比如肠道内大量的二价钙离子不但会破坏维生素，而且还会与其他多种微量元素产生拮抗或争夺离子通道，干扰了正常的营养吸收途径。饮用水的卫生指标最重要的意义就是肠道感染的控制，不洁饮用水会携带病原微生物，破坏肠道菌群结构，造成菌群失调，是腹泻等肠道疾病高发主要原因。
2、病原微生物感染：大量的病原微生物会对肠道粘膜上皮细胞的完整性造成破坏，同时它们还会抑制有益菌的生长，造成肠道正常的菌群结构失调，其产生的毒素会加快胃肠道蠕动，造成下痢、腹泻，并会由于肠道菌群移位进入循环系统，产生菌毒血症。
3、滥用药物：畜禽由于操作与数量的原因，口服用药是最主要的投药方式，所有经口摄入的药物均要通过胃肠系统进行传递、消化和吸收，所以胃肠道首当其冲地受到某些药物的刺激及损害，同时由于药物对有益菌和有害菌的非选择性作用，在消灭有害菌的同时也杀灭了大量的有益菌，必然会导致药物性菌群失调症的发生。
4、应激：应激在改变机体内环境稳定性的同时，对于胃肠道的消化吸收和肠道屏障保护更是产生巨大改变。在应激条件下，由于体液的酸碱平衡破坏、水与电解质紊乱、供血与供氧不足、免疫细胞活性下降等，导致肠粘膜细胞水肿、萎缩、凋亡，细胞间紧密部松弛，细胞通透性的增加和免疫保护屏障破坏为肠内病原菌、内毒素提供了通道，进而引发全身组织器官的衰竭。
从上面几种主要影响因素对胃肠道健康产生的危害中我们可以发现这样的规律，无论哪种因素它们所产生的破坏都不是单一性的，均包含有胃肠道粘膜及上皮细胞的损伤、肠道内正常菌群结构失调、肠道免疫保护作用下降，即肠道的四道防御保护屏障的全部或部分遭受破坏，因此建立与恢复肠道保护性屏障是保证肠道健康的根本途径。
