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仔猪的分群可使仔猪远离病原，也避免了接触来自母猪的一些流行的外来病病原。母源抗体的水平并不足以抵御感染，但至少可以阻止病原在体内的繁殖，减轻感染症状。
事实上，当仔猪离开母猪独立生活的时候，其体内的母源抗体水平足以抵御感染，有时会在21日龄之前。大多数病原，比如常见的细菌性病原，一般是不能通过胎盘造成垂直传播的。但病毒病则不同，比如病毒、猪腺病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒以及猪圆环病毒2型等。仔猪在21日龄之前就已具备了抵御大多数病原菌入侵的潜力，但母猪分娩时会产生许多感染力较强的病原，比如猪葡萄球菌、猪放线杆菌、猪胸膜肺炎放线杆菌、猪嗜血杆菌、多杀性巴氏杆菌和支气管败血性波氏杆菌等。仔猪轻微感染上述病原时，即便有来自母源抗体的保护，也无济于事，仔猪舍内会有相应疾病发生。
药物早期断乳技术和隔离早期断乳技术，虽然不用药物和疫苗，但也可有效防止病原菌的感染。在英国有人试图在具有完全独立的通风和排水系统的仔猪舍施行全进全出制管理，以此取代达到上述两种断乳技术取得的防病效果。但对于猪葡萄球菌病、猪呼吸与繁殖综合征、猪嗜血杆菌病等，利用上述几种技术都无法做到较好的防制。断乳越早越有利于防止母体病原的扩散和传播，而且药物法能更有效地净化早期断乳的低日龄仔猪。有人就部分仔猪在断乳前感染、在仔猪舍才表现症状提出质疑，认为其存在逻辑错误。事实上，大量的病原菌已经存在于断乳前的产房环境当中，断乳后在仔猪舍内感染蔓延，当免疫力不够坚实时，就会导致大多数仔猪表现出临床症状。仔猪葡萄球菌病往往在断乳后自愈，但病原菌仍有可能在宿主体内生长与繁殖。关于病理组织学方面，分别对SPF猪、药物早期断乳仔猪和隔离断乳仔猪的胸腺小体和淋巴结进行观察，可以发现细胞质介导的生理反应。SPF动物的胸腺的绝对大小和相对重量都呈增加趋势(仔猪还未出现免疫极限，故不需利用外周淋巴组织产生T淋巴细胞)。感染的仔猪则表现为胸腺萎缩和淋巴结的代偿性肥大。
