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一个猪场是否需要净化某种疾病属于企业管理决策，这与企业要不要进行资本性融资、
要不要对外引种。要不要使用新料槽等等财务、生产事务的决策是相同的，都需要科学的决策方法。
从管理角度讲，决策的过程包括策划、执行、实施及效果评估。在策划阶段，疾病净化需要技术服务人员花费很大的精力来规划。由于可以选择的重要病原体很多，到底需要选择哪种病原体来净化，则需要从必要性和可能性两个方面来考虑，即经济上是否必要，是否有实施的可能性。
最近，许多实验室都需要购买PCV2（猪圆环病毒Ⅱ型）阴性猪，导致很多提供实验动物的猪场开始考虑要不要净化PCV2。但是，就病毒的实际情况看，对于PCV2的净化并不现实，这主要是由PCV2的特性所决定的。所以，要算好整个猪场的经济账，就要考虑经济上的必要性，要进行准确的财务评估，这就需要对疾病的影响有非常专业的理解，需要专业人士来策划。猪场管理者在确定是否要净化某种病原、净化哪种病原时，就首先必须先过“为什么”这一关，才能真正统一员工思想，做到师出有名。
例如，根据目前猪场伪狂犬病的流行率，做净化之后，种猪销售预计能提高多少？母猪配种分娩率、窝产活仔数、母猪利用年限及仔猪断奶前成活率是否有提高？需要将这些生产销售效果，换算成公司层面的经营效果，进行净化前后对比，推算投资收益率。
净现值法可能是评估这类投资决策是否合理的最好方法。例如，一个母猪场，不做病原净化时全场的营业现金流是怎样的，全场病原净化之后的营业现金流又是怎样的，需要评估整个猪场的营业现金流，并贴现为净现值，来判断投资是否合理：控制和净化，哪个营业现金流收益更高？净现值法是最具说服力的。
净化疾病时，猪场经理最常问的问题就是：净化之后能维持阴性多长时间？尤其是可经空气传播的口蹄疫、蓝耳病、肺炎支原体等等能防得住吗？究其根本，经理们问的问题实际上是：净化疾病投资+保持阴性一段时间取得的收益合算吗？为了维持更长时间的阴性，维持成本是否会太大？猪场在净化某种重要病原体之后，当然应该更加重视生物安全。
近年来，兽医病原学和流行病学方面的研究，取得不少有实际意义的研究进展，如空气过滤猪舍、鸟类/蚊/虫传播方式、正确的猪群通风换气量等等。研究发现，运猪车辆是除了猪、人之外的重要生物安全控制点，新式的车辆清洗消毒方法应运而生，如车辆烘烤等。维持足够长的阴性所需要的成本，同样也要考虑进投资收益分析里面去，用于计算净化前后企业现金流的变化。在这些问题的预算处理上，需包括多年的考量，才能做出更准确的计算结论。
例如一个拥有万头母猪的母猪场，下设3个育肥场，病原净化（尤其是喘气病和蓝耳病净化）后，生长育肥期的成活率、饲料转化率、平均日增重预期都会改善多少？这些都需要在策划期，通过模拟整个企业利润表计算清楚。
最后，经常被经理忽略的是固定资产周转率的变化。如果整场母猪的配种分娩率有提高，那么就没有必要养这么多母猪。如果3200头母猪的产仔数要比3500头母猪产仔数还多，那么猪场就没必要养3500头母猪。这样，固定资产的周转效率又可以大幅度的提高，实际也是增加了企业的收益。
多数大猪场可以净化的病原体不止一个。要不要走净化之路？优先净化哪一个？同时净化一个还是几个？这些都是在决策过程中需要考虑的因素，这些问题就是科学决策中的可能性分析，需要制定一批“标准”才能做出回答。以下是笔者针对较大群体净化疾病时，制定的遴选方法。
1. 切实的鉴别诊断方法
大群体下，尤其是采用检测-剔除方法时，用于疾病净化的鉴别检测方法很多并不存在。例如，对猪瘟而言，在连续的免疫弱毒活疫苗情况下，鉴别区分猪瘟疫苗毒与野毒就十分困难，实际上很难开展。与猪瘟相反，目前，伪狂犬的净化几乎是每个种猪场都要开展的工作，因为伪狂犬的鉴别检测操作简单，成本合理。
2.成本合理
（1）检测成本
对于圆环病毒来说根本就不现实，难以做到检测－剔除。实际上，圆环病毒在“圆环病毒相关病”中的致病机制目前并不清楚，也不能肯定哪种亚型的PCV2是主要致病株。
（2）剔除成本
并非所有的病原都可以进行检测－剔除。链球菌就因其在猪只扁桃体中的广泛存在，很难剔除——检测后几乎要全部淘汰。
（3）维持阴性成本
有几个病原体，因其传播途径广泛，尤其有些是经空气传播的，使得净化之后难以维持，得不偿失。养猪人最担心空气传播的病原体，如蓝耳病、喘气病、口蹄疫，空气传播距离很远；通常被引用的例子是蓝耳病和喘气病。由于近年来发现，通过将进舍的空气过滤，设计好密闭猪舍的机械通风量，并科学规划人员/猪只进出，即使在中国的条件之下，中效空气过滤猪舍维持蓝耳病阴性多年，也是可以做到的。
净化传染性胃肠炎的母猪场，维持阴性的基本要求是防鸟、鼠。不仅母猪场应加装防鸟网，饲料生产车间的防鸟也很重要。猪舍使用自动关闭的弹簧门，防止鼠类进入，这些都不是什么困难的工作。
2. 病原本身特性
在病原本身的特性上，PCV2成为一个典型的案例。由于PCV2的抵抗力特别强，一旦污染，其在环境中将广泛存在，这一点同蓝耳病病毒（PRRSV）完全不一样。在保育舍提高一定温度后，因蓝耳病导致的保育猪死亡率就会降低，但PCV2却不是如此，且PCV2的致病机理现在尚不明确。另一个例子是内源逆转录病毒，其本身就是中间体，不可能考虑到净化的问题。
目前，国内大型猪场实际上靠操作可净化的疾病包括伪狂犬、蓝耳病、胸膜肺炎放线杆菌、传染性胃肠炎、支原体肺炎、猪痢疾和传染性萎缩性鼻炎等等，而且对于这些病原的净化已经取得了非常好的效果。例如胸膜肺炎放线杆菌、萎缩性鼻炎等，采用加药早期断奶、多点生产的方式，经过一次感染后，可维持病毒阴性多年。通过返饲技术，母猪群可以净化传染性胃肠炎，并维持3~4年甚至更长的时间。
长期以来，对于病原体的净化已经阐明了很多种方法，而且并不复杂，也取得了较好的净化效果，现介绍主要途径如下：
1. 后备母猪的培育
对于后备母猪的培育，蓝耳病的净化成了现在最标准的做法，净化后的母猪场若要求没有病原体的存在，后备母猪就要进行早期感染，防止病原在繁殖猪群的复制；用下痢小猪病料返饲后备母猪，可以有效防制传染性胃肠炎（TGE）的发生；另外要对阳性蓝耳病母猪群封群，提前群培育后备母猪是整个猪场转阴的关键。
2. 部分清群
在母猪群净化蓝耳病以后，断奶仔猪均为阴性，这样，把多周龄仔猪置于一个场内时，需要保育舍没有循环着病毒，才能维持整个猪群的阴性状态。对于产仔-育肥一条龙的猪场，将保育舍和育肥舍清空2~3个星期，反复清洗消毒，就能很好地切断了病原的传递，可以达到净化蓝耳病的目的。部分清群通常不会造成资金的过度浪费，也是提高保育期成活率的好办法。
欧洲一些国家，通过部分清群甚至实现了支原体净化。通过搬走全部10月龄以内的猪只，结合全群使用抗生素，迅速清除了喘气病，方法简单易行。
3. 全清群/重建群
对于存在重要猪病、繁殖猪群种质性能较差、可以结合栏舍改造的商品猪场，可以直接选用此方法。全清群/建群通常可以一次性净化多种病原，例如蓝耳病、喘气病、萎缩性鼻炎、伪狂犬等等，但归根究底，前提是要有好的阴性的后备母猪来源。
4. 检测－剔除
这是最常用的疾病净化方法。这种方法在种猪场非常适用，不必淘汰全部繁殖猪群，也是疾病净化最基本的方法，可以有效可靠地检测到病原体。如前所述，使用检测－剔除的前提，是要有可靠、成本合理的鉴别诊断的方法。
5. 群体封闭
这是疾病净化的新方法，也经过了国内外实践的验证，切实有效。净化蓝耳病的首选方法，即集中一次感染全部繁殖猪群之后，210~250天时间内，全场不再引进后备猪，猪只自身产生抗体，蓝耳病即在猪群里得到清除。
6. 加药
早期隔离断奶在母猪临产前开始至哺乳期，母猪饲料中针对性地添加较高剂量的药物，仔猪在哺乳期不感染细菌性病原，17~18天左右断奶后，可以做到净化胸膜肺炎放线杆菌（APP）、喘气病。多点生产时，在支原体的净化上可达到很好的效果。
归根到底还是要通过生产表现来评估。选哪些生产指标？哪些猪需要采血检查？都需要十分专业的猪病知识。
抽样方法和样本大小就很关键。例如，近年的研究发现，弱仔携带PRRSV的可能性并不比强壮仔大，且在同窝新生仔猪中，可能只有一半的仔猪携带PRRSV，这就为抽检样本和数量的选择增加了难度。选择合理的检测方法需要对方法有详细的理解。
例如，使用ELISA进行抗体检测，用于判断PRRSV净化末期的阴/阳性状态，就需要特别注意检测方法的假阳性、假阴性率。
某公司新购两块场地，用于新猪场建设。在建群期里，准备改为多点生产，故将原1200头母猪-育肥一条龙的猪场，扩大到3500头的单纯母猪场，保育和育肥舍分别在新购的两块地上全部重建，建成两个保育、育肥一体场。要在母猪场里把原PRRSV抗原阳性场，净化成PRRSV抗原阴性，新建保育舍和育肥舍做成PRRS和喘气病双阴性。这样的决策需要建立在科学的决策方法基础上。需要考虑实施这样的决策在经济上是否可行，是否有必要，另外，现有的技术是否支持，经过效果评估了解会降低多少成本，提高多少收益。而从管理会计的角度上讲，整个的决策过程需要在体系经营的5~10年的期间里评估，从整体的营业现金流判断在净现值上合不合理，即需要用全（新）公司的多年损益来考核。
在实际生产中总结的实施方案现介绍如下：
1.母猪群：（1）筛查PRRSV毒株，通过基因序列普查确定猪场中的PRRSV属于哪个毒株；（2）在断奶仔猪中查流行率；（3）补充220天要用的后备猪；（4）用筛查出的毒株全群感染，记作第0天；（5）170天开始每周查断奶仔猪流行率。一般来说，很难找到阳性猪了；（6）200天若全阴性，则母猪加药早期隔离断奶。小猪可进到新建保育、育肥群中去，全部转为阴性。
2.新建保育、育肥群：（1）部分清群；（2）引入阴性仔猪。在现今我国的养猪条件下，蓝耳病、口蹄疫是危害最大的空气传播的病毒病。重要的猪群（如核心群种猪场）进行空气过滤，不仅可行而且是十分必要的生物安全措施。例如，在母猪群中实施中效空气过滤，保育、育肥舍较大批次全进全出，每周实施公猪的精液全检，断奶仔猪抽样PCR检测等，另外，要结合B超等方法进行有效的效果评估（30天配种受胎率、母猪分娩率、窝均活仔数、日均死亡率等）。
总之，走猪病净化之路，采用新技术维持阴性，比试图控制猪病，经济上要更合算。未来一段时间，大量的旧猪场改扩建，会给猪病净化提供更多机会。
