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一般圈内的消毒程序步骤如下——
第一步：铲净粪便，先把圈舍四周的排水沟修整好，排除积水，将活动场清扫干净然后用清水冲净圈舍；优垢净1包兑水200斤，浸泡水管水池2—3天后用高压枪进行反复冲洗。
第二步：用5%烧碱（100斤水加烧碱5斤）泼洒冲净圈舍的地面及1米以下墙壁。5个小时后清水冲洗干净。在该5个小时空置期内整理外环境的清洁卫生，将上批畜禽使用过的饲养工具分门别类的进行清洗，对运动场用5%烧碱（100斤水加烧碱5斤）泼洒。
第三步：使用消毒液对进行圈舍消毒，喷洒消毒药后5个小时后用清水冲洗干净；再用另1种不同成分的消毒药进行喷洒消毒，直到按此要求使用完所有上述消毒药；在此步骤内至少使用2种以上消毒药进行喷洒消毒。要求每次喷洒消毒药后，地面、墙体、砖柱、瓦面、烟道表面湿透能见到水珠滴落。
在此期间利用喷洒消毒液后的空置时间进行料桶、水桶、农膜、毛毡等用具的消毒，方法：首先使用清水冲洗，然后使用消毒液浸泡2个小时以上（毛毡不用浸泡），最后冲洗干净后晾干待用。
第四步：使用20%石灰浆（20斤生石灰兑水100斤）泼洒地面及1米以下墙体及烟道。要求烟道表面、地面、能被基本覆盖。
第五步：空置圈舍，保持一定的通风，直到畜禽进场。
