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(三)平衡育种 猪的生产性状众多，性状间存在着不同的表型和遗传相关，
当通过选择使某一性状发生变化时，其它一些性状可能发生相关反应，其变化量的大小取决于性状的遗传力和性状间的遗传相关等。
在育种实践中，必须考虑到性状间的相关，保持性状间的合理平衡，即平衡育种，一方面要注意性状间遗传颉抗作用(负遗传相关)，如选择瘦肉率， 该性状改良到一定程度，肉质下降;另一方面克服自然选择的干扰，如生长速度快、瘦肉率高的猪种，产仔数少、体躯长而高的猪种，体质变弱，以及个别猪种出现遗传缺陷—— 猪应激综合征，都可以认为是自然选择的结果。因此，我们需要努力实现这样一个性状的合理平衡，即增重快、瘦肉多和肉质好的目标。
二、选种方法
良种猪是长期选择与培育的结果，种猪的性能只有通过不断选择才能巩固和提高。在条件相同的情况下，提高选择的准确性是关键。运用各种选择方法的目的只有一个，即尽可能充分利用所有信息，最准确地选择种猪， 实现最大的遗传改进量。
(一)单性状的基本选择方法 在单性状选择中，除个体本身表型值外， 最主要的信息来源就是个体所在家系的遗传基础，即家系均值。因此，单性状的选择方法就建立在个体表型值和家系均值之上。
1.个体选择 也称为大群选择(mass se1ection)，
根据个体本身性能测定结果进行选择。这种方法适用于遗传力高的性状。在育种实践中，选择生长速度和饲料转化率以及瘦肉率(活体膘厚)时常用此法。
个体选择方法简单易行，可加大选择强度，缩短世代间隔。
2.家系选择 根据家系均值进行选择，选择和淘汰均以家系为单位进行。
家系是指全同胞和半同胞家系。这种方法适用于遗传力低的性状，并且要求家系大，由共同环境造成的家系间差异或家系内相关小。对产仔数的选择常用此法，有较好的选择效果。
与家系选择有关的是同胞选择。二者的区别在于，家系选择的依据是包括被选个体本身成绩在内家系均值，而同胞选择则完全依据同胞的成绩(即不包括被选个体的家系均值)。实质上这种差别主要体现在家系的含量上，当家系含量很大时，选择效果基本一致。对于产仔数这一限性性状，公猪用同胞选择，母猪用家系选择。通常，同胞选择还用于对肥育性状和胴体组成性状的选择(同胞测定)。
家系选择同时又是对一个或两个亲本的后裔测定。二者不同之处在于测定结果的利用上的差别。
后裔测定是根据个体全部后裔的表型均值进行选择。理论上，后裔测定是评定种猪遗传素质最准确的方法，要优于同胞选择。但实际应用上最大的缺点是世代间隔太长。一般公猪是8月龄开始配种，若要等到其后代的性能测定完成时，公猪已 1.5 岁了，若再需要公猪女儿的产仔记录，只有当公猪2.5岁以上时才能定论。所以，遗传进展等于甚至低于同胞选择。另外，后裔测定需要建立一定规模的测定站，投资大。因此，在考虑育种规划时，是否采用后裔测定必须要进行全面分析。目前，世界上几乎没有一个国家只采用后裔测定，即使是丹麦也已改为后裔测定、个体性能测定和现场测定相结合的测定制度。
3.家系内选择 根据个体表型值与家系均值的偏差(家系内离差)进行选择。
这种方法适合于遗传力低的性状，要求家系间因共同环境选成的差异(协方差)大。这种方法实际意义不大，但可减少近交的机会。
4.合并选择 兼顾个体表型值和家系均值进行选择。从理论上讲， 合并选择利用个体和家系两方面的信息，选择准确性要高于其他方法。该方法要求根据性状的遗传特性和家系信息来源制订合并选择指数。其基本公式是：I=Px+{[(r-t)/(1-r)]*n/[1-(n-1)t]}*Pf式中I为合并选择指数，Px为个体x的表型值，Pf为家系均值，n为家系含量，r为同胞相关(全同胞为0.5，半同胞为0.25)t为家系成员间的表型相关。
合并选择还可综合亲本方面的遗传信息，制订一个包括亲本本身及所在家系、个体本身及其所在家系成绩等在内的合并选择指数，用指数值来代表个体的估计育种值(将在后面详述)。
(二)多性状的选择方法
影响猪遗传改良的性状是多方面的，而且各性状间存在着不同程度的遗传相关，如果只进行单性状的选择(如瘦肉率)，尽管能在该性状上获得较大的进展，但是会影响其他性状的改进，尤其是那些与之有负相关的性状(如繁殖性状、肉质性状)。因此，在种猪选择中，需要同时考虑多个性状，以保证主要生产性能的遗传改良，获得最大的育种效益。
多性状的选择方法主要有：
1.顺序选择法
即每个性状选择一个或数个世代，然后再选择其它性状，这样逐一对需要改良的性状进行顺序选择。这种方法对某一性状来说，改良速度当时较快，但要改良多个性状，则需花很长时间，更重要的是没有考虑到性状间的相关，很可能顾此失彼。因此，这种方法在猪育种中也不再使用了。
2.独立淘汰法 对各个被选性状规定一个淘汰标准，
被选个体只要其中一项指标未达标准就被淘汰。这种方法常常会把在某些性状上表现突出，而个别性状上不足的种猪淘汰掉，选留下来的却是表现平平的“中庸者”。
在猪的育种中，独立淘汰法应该用于淘汰遗传上有缺陷的，或结实度较差的个体。
3.综合选择法 将多个性状综合在一起进行选择。 常用的方法是制订综合选择指数进行选择。综合选择指数是Hazel(1943)提出来的， 它以使育种群的经济价值达到最大的改进为目标。根据性状的遗传力、经济加权值和性状间的遗传相关等制订出综合选择指数，计算出每个个体的指数值即综合育种值，然后进行选择。这种方法比较全面地考虑了各种遗传和环境因素，同时考虑到育种效益问题，因此，能较全面地反映一头种猪的种用价值，指数制订也较为简单， 选择可以一次完成。
综合指数法从理论上讲是科学的，选择效果优于其他方法，但实际应用时，难以达到理论上的期望效果。其主要原因在于：①遗传参数估计的误差较大;②各目标性状的经济加权值不太准确;③群体小，近交程增高;
④选择性状与目标性状不一致(如目标性状为瘦肉率而选择标准则是背膘厚或眼肌面积)。
三、纯种选育
纯种或系选育的目的有两个，其一是通过选择提高性状的育种值(加性效应值)，这是整个育种工作的基础。纯种或系获得的遗传进展通过杂交繁育体系传递到商品群，成为商品猪生产性能持续改良的动力。其二是提高纯种或系的基因纯合度。因为杂种优势与杂交亲本的纯合度密切相关，因此，通过选育纯种或系提高纯合度，可以提高杂种优势。
这里我们不妨把纯种选育理解为一个群体进行繁育，即群体内选择(intra-population se1ection)，旨在利用群体的加性和非加性遗传效应， 其方法有纯种选择、正反交重复选择以及合成育种。
(一)纯种选择
纯种选择有两种方式，即闭锁群与开放群选择，从群体遗传理论上讲，为了预测遗传进展，是以闭锁群体为前提的。但实际情况往往由于群体小，通常闭锁几代后，近交系数上升，遗传进展缓慢，需要导入外血，开放群体，然后再闭锁群体，形成所谓闭锁群与开放相结合的纯种选育方法。我国在选育新品系中通常采用闭锁群继代选育。有关新品系的培育将第四节进行论述，这里先简单讨论一下闭锁群选择的近交和群体有效含量。
基础群闭锁后，在随机交配的情况下，近交是不可避免的。近交效应具有两重性：一是近交使群内纯合体增加，有利于选择优良基因和淘汰有害基因;另一方面则是近交退化，即由于近交，猪的繁殖性能、生活力以及与适应性有关的各性状都较近交前有所降低。研究结果表明，近交系数每提高10%，产仔数将会减少0。因此，为了避免近交退化现象，必须保持一定数量的群体有效含量(Ne)，有人建议，群体有效含量在500以上，即近交系数增量控制在每代0.1%以下， 近交加选择可以减缓近交退化程度。另外不同猪种耐受近交的能力亦不同，如我国的小型猪(香猪、巴马香猪)就有较强的能力。
(二)正反交重复选择(RRS)
1949年由Comstock等学者提出， 目的是为了通过选择提高群体或性状的一般配合力(加性效应)和特殊配合力(杂种优势)。其基本方法是用A、B两品种或系作正交和反交试验，即A公猪与B母猪交配以及B公猪和A 母猪交配，对产生的杂交后代进行性能测定，根据杂种的成绩选留亲本，进行群体内纯繁，然后再按杂交-后裔测定-选种-纯繁的模式重复进行下去， 从而选育出配合力良好的亲本。
然而上述基本方法有2个缺陷。①选择主要是针对非加性效应(显性与上位效应)，纯种或系本身性能得不到较大的遗传改良;②世代间隔长，影响性状的遗传进展。为此，有人提出了相应的改进方法，形成所谓修饰正反交重复选择法(MRRS)。首先，同时根据杂种和纯种个体的成绩进行选择，既提高性状的非加性效应，又加强其加性效应的改进。其次，用同胞测定代替后裔测定，或用短期性能测定代替全期测定，以缩短世代间隔，加快性状的遗传进展。
从理论上分析，RRS只适合于低遗传力性状， 并且杂种与纯种间的遗传相关要低。
RRS与纯种内选择相比，能更有效地利用非加性效应，提高杂种优势， 但对纯种性能的改良要差于纯种选择(Pirchner，1983)。
在猪禽和实验动物的试验中，对RRS的选择效果好坏存在一些争议。在蛋鸡育种上，德国罗曼公司在罗曼精选白来航(LSL)的选育中长期采用RRS，对产蛋数获得了较好的改良效果。经20多年(1950～1973)选择，F1代产蛋数的杂种优势率高达20%(Flock,1980)。在1986年，这两个性状的杂种优势率分别为6.6%和9.
6 %( Flock等，1991)。据分析，这是长期进行RRS选择使群体的超显性效应不断提高的结果(Pirchner和Merg1，1977)。对褐壳蛋鸡饲料转化率进行MRRS 选择也取得了较好的效果(Wang等，1991)。
在猪的育种上，研究结果表明，对于产仔数、窝重和断奶仔猪数等繁殖性状来说，采用MRRS对纯种内选择更有效(Krehbiel等，1971;Hetzer等1977 ; Seyer 等， 1983)。Seyer等运用MRRS对于长白猪和大白猪的95日H龄窝重进行了多年的选择，获得了每代18.3kg的选择反应，两个纯种同时得到了遗传改良。
在这里选择标准 95日龄窝重被看作是一个组合了产仔数、生长速度和培育率的复合性状。
但在另一方面也有不少研究认为，RRS法不如纯种内选择。
据分析这些不成功的试验部分是由于所选性状的加性方差较大，即遗传力较高，不适合采用RRS法， 部分是因为基础群遗传结构不佳(如未经选择的杂合基因型基础群)。另外有一些是试验期过短，而RRS在长期选择中才能更显示其优越性。
(三)合成系育种 合成系育种是指用两个或两个以上来源不同，但有相似生产性能水平和遗传特征的系群进行杂交，形成新的种群，经选育后可用于杂交配套系。
合成系育种重点突出主要的经济性状，不追求血统上的一致性，因而育成速度快。由于现代瘦肉型猪种的生产水平很高，特别是像长白、大约克夏、杜洛克和汉普夏这些世界著名猪种都经历了近百年或百年以上的长期系统选育，有许多高产基因已固定。把不同来源的种群合成后，有可能将不同位点的高产基因汇集到一个合成系中，提高性状的加性基因效应，增加遗传变异。
合成系育种体现了一种开放的育种思想。在一个长期的育种规划中，不仅应当通过闭锁群选择来利用群体内现有的遗传变异进行遗传改良，而且还要在适当时候通过合成的方法，把分散在不同群体中的优秀基因组合在一起，增加新的遗传变异，为进一步的闭锁选择奠定基础。因此，育种中的“闭锁”和“合成”(开放)不是完全对立的，而是两个相辅相成的环节。合成为闭锁提供遗传变异的来源，闭锁则巩固和发展合成的成果。所以，纯系和合成系并不是截然不同的两种育种形式，而是处于长期选育动态过程中的不同阶段而已。纯系经选育达到一定的水平后，群内遗传变异减少，遗传进展缓慢，此时就应考虑利用与本系群有相同选育目标和遗传特征的高产系群进行合成。而合成系通过选育，在提高生产性能的同时，也提高了纯度，经过5～6代系统选育，也可能发展为纯系。
目前，欧美一些养猪业发达国家，各种配套系已相继育成并向世界各地扩展，并且显示了较大的优势。我国现已引入的配套系有美国的PIC和迪卡(Dekalb )以及比利时的斯格(Seghers)。
四、选择性状
(一)目标性状与选择性状 数量化育种目标或综合育种值中所包含的性状称其为目标性状(objective
traits)。为了使这些性状获得较大的遗传进展，必须选用几个性状作为选择标准(se1ecti0n criteria)组成选择指数， 通过指数选择达到提高综合育种值之目的。
大多数目标性状与选择性状是一致的，如产仔数、生长速度、饲料转化率，但有些性状却不是这样，如瘦肉率这个目标性状的相应选择性状通常是背膘厚或眼肌面积。这里需要指出的是，对目标性状和选择性状的划分也是相对的，如背膘厚一般作为选择性状，但有时也可认为是目标性状，在确定选择性状时要遵循以下原则：①选择性状必须是活体容易度量的;②选择性状应具有较高的遗传力，这样性状的加性效应值大，选择的准确性高，遗传改良效果好;③选择性状必须与目标性状间有较高的遗传相关，只有这样通过对选择性状的直接选择，才能使目标性状获得期望的相关选择反应。
(二)现行的选择性状
在瘦肉型猪的育种中，主要日的在于提高猪的瘦肉率，降低瘦肉生产的成本和提高生产的速度，这一点尤其在我国更为主要。为此，瘦肉率(量)、生长速度和饲料转化率就成为需要改良的主要目标性状。
1.生长速度和饲料转化率
对生长速度和饲料转化率的选择有两种考虑：一是同时利用日增重和饲料转化率两个性状的信息，对它们进行直接选择，遗传改良效果好;二是只考虑使用日增重，这是基于日增重和饲料转化率间具有较高的遗传相关(rA=-0.7)，选择日增重可两者都得到遗传改良， 再者是日增重的遗传力稍高于饲料转化率，对其选择可得到较好的效果。另外，一个很重要的原因是日增重易于度量，而饲料转化率的度量误差较大，不易准确计量。除非在性能测定站进行单栏测定，或采用先进的自动饲喂系统，如丹麦利用脉冲转化器饲喂系统(ACEMA
2.瘦肉率
用活体背膘厚作为选择性状。活体背膘厚有较高的遗传力(0.4～0.6)，与瘦肉量(率)间有较强的遗传相关(-0.5～-0.7)，因此，选择活体背膘厚可使瘦肉率得到显著的遗传改进，这一点已被众多选择试验结果所证实。而且，活体背膘厚与饲料转化率间存在一定遗传相关(0.23)， 背膘朝薄的方向选择有利于饲料转化率的改善。背膘厚与日增重近似于独立遗传，对其中一个性状的选择不能代替另一性状的选择。因此，在选择指数中包括它们是合适的。在80年代，世界各国在后备猪中使用的指数，都包括了日增和背膘厚。
为了简化测定工作，活体背膘的测点可以只测最后肋骨处离背中线4cm 处的膘厚或边膘(离背中线8cm处)。该两点的膘厚与瘦肉率的相关分别为-0.67与-0.66 。而且此点活体测量容易确定，是理想的测量部位(彭中镇，1994)。
3. 繁殖性状与肉质性状
近年来，养猪发达国家都开始重视繁殖力和肉质的选择，尤其是BLUP法应用于猪育种值的估计已将它们包括在育种目标中。通常是母系猪种将产仔数包括在综合育种值中，而父系猪种将肉质性状包括在其中。繁殖性状目前趋向于选择总产仔数：肉质性状有两类，一是与pH值相关的性状如系水力、肉色等，二是肌内脂肪含量。丹麦选择肌内脂肪含量，瑞典采用pH值和肉色。
另外，一些国家也开始考虑对采食量和结实度的选择。
