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1、BLUP育种法的优点 BLUP育种法在目前无疑是世界上最先进的育种方法之一。
(1)它校正了环境效应，使我们的选种更有效、更准确。
(2)它数据收集更广泛，使全国猪场的测定数据可以放在一起进行比较，有利整体水平的提高。
(3)它优中择优，能最快地提高优良性状。
(4)育种软件的开发应用，使我们操作更方便、快捷等等。
2、BLUP育种法的不足
BLUP育种方法(包括以前其它的育种法)以国内大型场是很难胜任的，其原因如下：
(1)这些养殖场都是以利益为目的的，所以他们以市场为导向，以满足客户的需求为宗旨，一旦育种工作和这些发生冲突时，他们便会弃育种于不顾。例如，BLUP育种法所要求的测定数据在猪只体重达到80-105KG时进行，但当市场行情好时，这些猪往往在50KG左右便出售了。再如，背膘厚度在BLUP育种中是一个很重要的性状，但由于背膘厚与日增重、产仔数等性状都呈负相关，所以在养殖场中也就不那么重要了。
(2)在众多疾病日益复杂的今天,各养殖场在疾病困扰中是终日惶恐不安，对育种工作的关注恐怕是不怎么热心了。
(3)既便是他们有心搞好育种工作，但是家丑不可外扬的心理难免让他们对自己场发布的测定数据是慎之又慎。
(4)BLUP育种讲究的是大群测定，以选择指数的依据，优中择优，但是俗话说金无赤金，那些指数很高的个体很多会有体型、奶头、四肢或睾丸等方面的缺陷，让我们很难决择。
BLUP育种终归是同品种内的选择，而同一品种的遗传基础是大致相当的，所以选择差也就十分有限，提高的程度也就不那么让人期待了。我个人的观点是：BLUP育种方法可以有效地提高我国猪的整体水平，但要想培育出令世界瞩目的知名品牌还是有一定难度的。我时常想外国人知道导入我们太湖猪的基因以提高他们猪的繁殖性能，而我们为什么对我们自己那么多宝贵的资源视而不见呢?
育种软件还不是很完美，操作过程中常出现这样或那样的问题，造成相对选种盲目，应多一些这方面的培训，特别是对从事具体操作的技术人员进行全方位的培训，我认为是很重要的。
