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伴随“菜篮子”工程建设与畜牧业的快速发展，全市出现了一批规模化的畜禽养殖场以及畜禽养殖村和专业大户，其中相当一部分集中在太湖流域。由于畜禽饲养相对集中，以及粪便处理的意识和设施配套相对滞后，对环境造成了一定污染。随着我市太湖流域污染治理力度的加大，如今，河道周边的畜禽养殖场也纳入整治的重点范围。
我市境内地处太湖流域的河流主要有三条，分别为九曲河、丹金溧漕河、通济河，流经丹徒、丹阳及句容的12个乡镇125个畜禽规模养殖场（户）。三条河道周边畜禽养殖主要以生猪和家禽为主，家禽包括肉禽和蛋禽，其中规模养殖户有382户。
据市畜牧兽医局疾控中心主任姚伟民分析，由于畜禽养殖业从传统农户分散养殖转向集约化、工厂化养殖，畜禽粪便污染负荷量大幅增加，而且越来越集中，养殖场周围没有大片的土地对其进行消化，各地出现了许多新的大型污染源。另外，养殖业从农村向城市、城镇周边大量转移，也使得城市、城镇的环境压力越来越大。值得注意的是，集约化程度越来越高，专业化程度也越来越明显，导致了养殖业与种植业的脱节。由于畜禽粪便不能及时回收利用，使畜禽粪便处理出现了变“宝”为“废”、由“利”转“害”质的变化。
如何处理畜禽养殖场衍生的污染？我市多措并举，严格执法监督，对地处主要河流和集中居民区的养殖场坚决予以关闭。而对其他畜禽养殖场按照“减量化、无害化、资源化、生态化”原则，实行综合利用优先，先处理后利用，以达到减排和零排的目标。市畜牧兽医局有关人士表示，近年来农业部门大力推广应用有机肥，减少化学肥料的使用量。从某种意义上看，畜禽粪便本身便是宝贵的资源，它的广泛使用也是我市农业可持续发展的重要保证。目前对它的处理主要有以下途径：鼓励畜禽养殖场建设大型沼气工程，堆积发酵后直接还田；改进或改建畜禽场的建筑设计，改水冲清粪为干式清粪、改无限用水为控制用水、改明沟排污为暗道排污，固液分离、雨污分流，进行处理后制成初级有机肥，供农田、林地施肥利用。
更为先进的技术，还包括从日本鹿儿岛大学引进的土著菌养殖技术：通过采集本地土壤中的多种有益微生物，经培养后按照一定比例，与锯木屑及一定量的活性剂混合，发酵后置入特殊设计的猪舍，再将仔猪放入猪舍。无需人工处理，猪的排泄物自行被微生物吸收消化，而且猪舍没有臭味，出产的猪肉品质大为提高。今年7月，省委常委、副省长黄莉新在考察我市丹徒区天成畜禽生态养殖场后对该项技术给予充分肯定，认为此举为探索治理太湖流域畜禽污染作出了贡献，并要求在全省特别是环太湖流域畜禽规模养殖场大力进行推广。
