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黄浦江死猪事件发生后，农业部派出两批督导组赴浙江、上海调查。3月16日，参与调查的国家首席兽医师于康震在农业部网站回应称，死猪中检出病毒为猪圆环病毒病及流行性腹泻病毒，这两种病毒引起的都是猪常见病，“可以肯定，当地没有发生猪重大动物疫病和人畜共患病”。
不过，根据于康震公布的数据，病毒检出率较此前官方第一次公布的检出率大为提高。这意味着这些猪可能有相当部分为非自然死亡。据其披露，上海市动物疫病预防控制中心现场四次采集了死猪的心、肝、脾、肺、肾、淋巴结、扁桃体等内脏样品共20套，采用荧光PCR方法进行六种病原检测，包括猪口蹄疫、猪瘟、高致病性猪蓝耳病等3种重大动物疫病，以及猪伪狂犬病、猪圆环病毒病、猪流行性腹泻等3种生猪常见疫病。检测结果显示，13份样品中检出猪圆环病毒病阳性（阳性率65%），所有样品其余病原检测结果均为阴性。浙江省动物疫病预防控制中心采集嘉兴市36份死猪病料样进行检测，检出16份圆环病毒阳性，7份猪流行性腹泻病毒阳性。
而此前11日官方公布的数据，上海市动物疫病预防控制中心现采集并检测的5套样品中，只在一份样品检出猪圆环病毒病原阳性，其余样品所有检测项目为阴性｡
猪圆环病毒病是一种猪传染性疫病，近年来在中国广泛流行，重者会导致生猪死亡，但不属于人畜共患病 据西安市雁塔区动物疾病预防控制中心陆昕、西安市雁塔区畜牧兽医技术推广中心陈佳、李准的研究，猪圆环病毒病主要感染断奶后仔猪。可侵害5-16周龄仔猪，但最常见6-8 周龄。成年猪一般为隐性感染，不表现任何症状。
于康震认为，当地生猪死亡主要有两个原因：一是当地生猪饲养量大，散养比例高，正常生猪死亡淘汰数量相对较大。二是去冬今春，当地雨雪寒潮天气多，气温变化大，导致仔猪抵抗力下降，圆环病毒感染和腹泻等常见病引起死亡率较往年偏高。据其披露，嘉兴市到目前共清理并无害化处理死猪3601头，其中80%是仔猪。
对于黄浦江“浮猪”，于康震表示，根据规定，病死猪应该进行无害化处理，当地绝大部分死猪也都进行了无害化处理。但是，由于一些养殖场户法制意识不强、陋习难改，加之监管和无害化处理能力不足，导致向河道随意抛弃死猪情况仍有发生。
于康震强调，目前检出的这两种病毒引起的都是猪常见病；未检出生猪疫病病源，“我们这次进行了进一步的调查、分析、会商，现在可以肯定，当地没有发生生猪重大动物疫病和人畜共患病。”
针对死猪事件，此前3月13日，农业部发出《农业部办公厅关于进一步加强病死动物无害化处理监管工作的通知》，要求切实加强动物疫病防控，监督做好病死动物无害化处理工作，严格落实生猪无害化处理补贴经费。2011年7月，国家已经出台政策，对年出栏50头以上生猪规模养殖场无害化处理的病死猪给予每头80元的无害化处理补助经费。但散养者不在补助之列
