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呼吸与繁殖器官便成了蓝耳病病毒的主要感染部位。通常认为，巨噬细胞（macrophages） 是肺脏主要的或唯一的感染蓝耳病病毒的细胞，但后来的研究发现，肺泡的二型肺细胞（pneumocytes type II） 也可以感染蓝耳病病毒。
有趣的是，该病毒还可以感染生精小管（seminiferous tubules ）的上皮生殖细胞（epithelial germ cells） 和间质内的巨噬细胞，并导致精细胞的缺损和死亡（一种细胞程序性死亡，apoptosis），而大量的未成熟的精细胞便成了蓝耳病病毒的携带者。由此导致公猪的精子数量下降或非正常精子比例升高，公猪精液成了持续性排毒的来源，而当母猪使用这些精液时，往往不能受孕。
同时该病毒也感染卵巢卵泡中的巨噬细胞。
蓝耳病病毒在感染时不但能发生变异，而且变异发生的频率异常之高（Lager & Mengeling，1999 & 2000）。由于蓝耳病病毒是一种RNA 病毒，象其它的RNA 病毒（流感、口蹄疫、猪瘟）一样，变异是RNA 病毒的一个非常明显的特征。
在自然界中，科学家已经分离了成千上万种不同的蓝耳病病毒的分离毒株（以下简称毒株）。但要记住，变异（Mutations ）和重组（Recombinations ）不是一个概念，完全是两码事，将两个不同分离株的蓝耳病病毒混合感染单个细胞虽然在实验室里产生了重组的毒株，自然界中也曾报道发现了重组的蓝耳病病毒毒株，但最终也没有被完全证实。
蓝耳病病毒绝对不会象流感病毒那样容易进行重组。那么两种分离株的病毒同时进入一个机体后的结果会是什么呢？实验已经证实，这两个毒株的其中一个将逐渐占据优势地位，成为唯一能够繁殖的毒株，而另外的毒株则最终消失，但机理尚不太清楚。而且两个毒株的差异越大，两者之间不相容的程度就越高。这一点或许可以解释我国至今没有欧洲型的毒株，可能是在我国美洲型的蓝耳病病毒毒株“人多势众”，欧洲型毒株无处插足。
