1 控制各种饲料原料的霉变和水分：
玉米、小麦及稻谷等作物要在田间种植过程中降低霉菌的形成。通过改进植物遗传选育方法，选育抗真菌的优良作物品种，翻耕作物收获的残留物以及适时收获等措施，可首先减少霉菌的污染。晾晒干燥和收储阶段的控制也很主要，控制各种原料水分，使霉菌处于无代谢活性状态，霉菌毒素形成即可大大降低。应注意饲料原料水分尽可能低于12%，仓储相对湿度低于60%，储藏温度低于20℃，筛选谷粒饱满无杂质无破损，控制鼠害和虫害及紫外线照射灭菌等。国家粮食标准规定玉米、高粱、稻谷等原料的含水量不应超过14%；大豆及其饼粕、麦类、糠麸类、甘薯干、木薯干、草粉类的含水量不应超过13%；棉籽、饼粕类、鱼粉、骨粉及肉骨粉等的含水量不应超过12%。并且原料应坚持先进先出的原则，尽量缩短库存时间。
2 饲料加工、仓储及饲料运输中的防霉控制
配合颗粒饲料的加工由于需要蒸汽调质，其水分控制至关重要。在锅炉和调质器之间应安装分气缸分离冷凝水，并保持锅炉的安全气压，保证进入调质器的蒸汽为饱和气体。控制调质器的进气量和物料调制时间，保持物料进入制粒环膜的水分在16%-17%。颗粒饲料在冷却器中充分冷却，冷却后温度以略高于室温3-5℃ 为宜，最后使饲料水分降到12.5%以下。同时，应注意包装袋内膜质量，保持仓储条件干燥防潮，缩短仓储期，避免运输过程中淋水受潮，防暴晒。
3 添加防霉剂
饲料防霉剂的作用机理主要是以未电离分子的形式破坏微生物细胞及细胞膜或细胞内的酶，使霉菌中的酶蛋白失去活性而不能参与催化，从而抑制霉菌的增殖和毒素的产生。常用的饲料防霉剂有有机酸，如乙酸、丙酸、山梨酸、脱氧醋酸和富马酸；有机酸盐及其酯，如丙酸钙、山梨酸钠（钾）、苯甲酸钠和富马酸二甲酯；有机酸防霉效果好，但腐蚀性强；有机酸盐防霉效果稍差，且需要一定的水分和pH条件下才能进行，但腐蚀小；复合防霉剂防霉作用效果强，腐蚀性小，是饲料防霉剂的发展趋势。此外，饲料的发霉过程也伴随着饲料中营养成分的氧化过程，防霉剂还应与抗氧化剂一起使用，构筑一个防霉抗氧化的完整体系，才能更有效地保护饲料和延长储存期。
4 饲料脱毒
饲料发生霉变，尤其是大量的饲料原料发生霉变，全部丢弃会损失惨重，但是如果霉变很严重则应弃之，因其养分已严重流失，对于轻度霉变的饲料与原料，则可根据具体情况，采用不同的方法进行脱毒处理。脱毒方法一般有物理脱毒法、化学脱毒法、酶解法和吸附法。
4.1 物理脱毒法和化学脱毒法
物理脱毒法主要有水洗法、剔除法、脱胚去毒法、溶剂提取法、加热去毒法和辐射法等；化学脱毒法主要是采用碱或氧化剂进行处理脱毒。上述的诸多脱毒方法，在实际应用中及对于目前饲料工业和养殖业来说均不适用，因其操作不但困难，大批量的饲料及原料用此类方法是没法进行的，而且经化学脱毒处理后往往会降低饲料的营养品质和适口性。
4.2 酶解法
主要是选用某些酶，利用其降解作用，使霉菌毒素破坏或降低其毒性。如内脂酶可断裂玉米赤霉烯酮的内脂环，而环氧化酶降解单端孢酶毒素12和13环氧组。与物理学和化学方法相比，酶的降解处理法对饲料营养成分的损失和影响较少。但在实际应用中，尤其是在饲料工业出现了一些问题：一是酶不耐热，在高温易失活，而饲料成品的制作过程，尤其是压制颗粒饲料均需经过高温。二是使用酶解脱毒法成本较高，普遍难以接受。三是在利用酶降解霉菌毒素的毒性时，某些霉菌毒素需要一套完整酶系才能彻底降解其毒性，如在进行降解玉米赤霉烯酮时，部分的酶只是将其转化成了另外一种物质，而转化的这种物质仍具有毒性，需要一系列的酶才能将其完全降解成无毒物质，这一系列的酶目前仍处于研究阶段。
4.3 吸附法
即在饲料中添加霉菌毒素吸附剂进行脱毒的一种方法。这种方法仍是比较可行的（目前国外已普遍使用），在饲料工业及养殖业来说是一种比较常用、简便和有效的脱毒方法。在实际生产中应选择合适的吸附剂，要求既能有效地降低霉菌毒素对动物的危害，又不至于对动物生长造成负面影响。理想的吸附剂应有吸附不同种类霉菌毒素的能力；使用量应低且有效；能在饲料中迅速均匀地混合；加工制粒、膨化和储存期间有较强的稳定性；对维生素、微量元素、药物及其他营养物质无吸附作用；在宽pH 范围内具有较高的稳定性，排出后应能被生物降解；本身应不含污染物。目前，饲料中脱毒效果较好的霉菌毒素吸附剂主要有铝硅酸盐类、有机物类（酵母细胞壁等）及其他树脂类（消胆胺等）。天然铝硅酸盐，如：沸石、蒙脱石、硅藻土和高岭土等，因为具有较大的比表面积和离子吸附能力，对霉菌毒素有一定的选择吸附能力而引起研究者的兴趣。铝硅酸盐类吸附剂尤其对黄曲霉毒素有良好的吸附能力，并且有不少体内（喂养）试验结果证实了这类吸附剂的实际效果，但它们对玉米赤霉烯酮、赭曲霉毒素和单端孢菌素等毒素吸附能力不足。不过通过适当的改性有可能使它具有更广泛的吸附能力。这类吸附剂的另一个缺点是，它们对维生素及矿物盐有非选择性吸附能力。有机物类，如：酵母细胞壁具有特殊结构，对霉菌毒素产生吸附力。试验结果表明：酵母细胞壁可以吸附2.7 mg/g 玉米赤霉烯酮，且这种吸附平衡可以在10 min 内达到，在这一点它比铝硅酸盐类吸附剂有优势。葡甘露聚糖对霉菌毒素也有一定的吸附能力。葡甘露聚糖的作用方式应和酵母细胞壁的作用方式相似。酯化葡甘露聚糖（EGM）是一种新型的霉菌毒素吸附剂，是从酵母细胞中提取出的功能性糖类。EGM 有很大的表面区域，1kg的EGM有相当于2.2hm
2 的表面区域。其表面富含不同孔径的孔穴，用以大面积地捕捉不同种类的霉菌毒素。因此，EGM 对多种霉菌毒素具有较强的吸附作用，而且吸附后的霉菌毒素不易被解离；对饲料中其他营养成分无显著负作用，还可能对动物的其他生理功能有着积极的作用，是一种广谱的具有很大潜力的霉菌毒素吸附剂。
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