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1.氟苯尼考不宜与大环内酯类（如泰乐菌素、红霉素、罗红霉素、替米考星、吉他霉素、阿奇霉素、克拉霉素等）、林可胺类（如林可霉素、克林霉素）及双萜类半合成抗生素－泰妙菌素（枝原净）联合用药，合用时可产生拮抗作用。
2.氟苯尼考不可与β－内酯胺类（如青霉素类、头孢菌素类）及氟喹诺酮类（如恩诺沙星、环丙沙星、氧氟沙星等）联合用药，因本品是抑制细菌蛋白质合成的速效抑菌剂，后者属繁殖期速效杀菌剂。在前者的作用下，细菌蛋白质合成迅速被抑制，细菌停止生长繁殖，使后者的杀菌作用减弱。故在治疗需要发挥快速杀菌作用的时，不可同用。
3.氟苯尼考不能与磺胺嘧啶钠一起混合肌注。口服或肌注给药时忌与碱性药物合用，以免分解失效。也不宜与盐酸四环素、卡那霉素、三磷酸腺苷、辅酶A等混合静脉注射，以免发生沉淀和降效。
4.肌肉注射后可能引起肌肉变性、坏死，因此，可颈部与臀部深部肌肉交替注射，不宜在同一部位重复注射。
5.由于氟苯尼考可能有胚胎毒性，妊娠期及哺乳期家畜慎用。家禽在产蛋期禁用。
6.在病猪体温较高时，可配合解热镇痛药及地塞米松使用，效果更佳。
7.对猪传染性胸膜肺炎发病初期的治疗，因患病猪群还有较好的食欲条件下，使用混饲给药，可适当提高添加量，每t饲料可添加氟苯尼考（效价）100g，（最好再配合强力霉素200g），连续使用7天，然后将剂量减半，再继续使用2周，具有较好效果。
8.在防治猪呼吸道综合征（PRDC）方面，有人推荐氟苯尼考与阿莫西林、氟苯尼考与泰乐菌素、氟苯尼考与泰妙菌素合用，这种方法欠妥，因为从药理学的角度讲，两者不可联合应用。但氟苯尼考可与四环素类，如强力霉素联用。
9.氟苯尼考有血液系统毒性，虽然不会引起不可逆的骨髓再生障碍性贫血，但其引起的可逆性红细胞生成抑制却比氯霉素更常见。疫苗接种期或免疫功能严重缺损的动物禁用。
10.氟苯尼考有较强的免疫抑制作用，约比氯霉素强6倍。
11.长期使用可能会引起消化机能混乱和维生素缺乏或二重感染症状。
12.在防治猪病时，应小心谨慎，要按照规定的剂量和疗程给药，不能滥用，避免产生不良后果。
13.肾功能不全患畜要减量或延长给药间隔时间。
14.当饮水剂给药时，注意配比浓度，用药期间只以含药物的饮水作为畜禽的唯一水源。
15.如遇低温，发现溶解速度较慢；或已配好的溶液有氟苯尼考沉淀析出，只需稍微加温（不超过45℃），即可全部快速溶解。所配溶液最好在48小时内用完。按以上介绍选用适合的剂型和参照推荐添加量使用是十分安全的。个别动物可能会出现短暂的食欲下降，饮水减少或腹泻，肌注部位略有疼痛和轻微的组织反应现象，这些都属正常，停药后即可恢复正常。
16.氟苯尼考为动物专用药物，不与人类形成交*耐药性。在治疗剂量内使用，无毒副作用。对环境无危害。美国FDA规定，停药期为28天。我国农业部有关规定（暂定）：畜禽为30天；肉鸡为10天；水产类为7天；不同年龄和体重的猪均可使用，但育肥猪最好不使用，更不能长期使用，避免药物残留。
